真正的再生障碍性贫血（最多见于青少年）病例约有1/2为特发性的。已知的病因为化学性（例如苯、无机砷）、辐射或药物（例如抗肿瘤药、抗生素、非类固醇抗炎药、抗惊厥药物、乙酰唑胺、金属盐、青霉胺和阿的平等）。其病理机制不明，然而选择性的（或许是遗传性的）过敏反应看来是其发病的基础。

Fanconi贫血是一种非常罕见的家族性再生障碍性贫血，患者有骨骼异常、小头、性腺发育不全及皮肤色素沉着等表现。该病发生于儿童，伴有染色体异常。常是其他疾病基础（特别是急性感染或炎性疾病）上加重了其临床表现才得以诊断，引起外周血细胞减少。这些基础疾病消失后，尽管骨髓量减少，外周血细胞数仍可恢复正常。

纯红细胞性再生障碍性贫血可为急性发病和可逆的。急性原始红细胞减少可在多种急性病毒性疾病期间（尤其是人类微小病毒）发生，特别是儿童。贫血的持续时间较急性感染时间长。慢性红细胞再生低下常与溶血性疾病，胸腺瘤和免疫损伤有关，以及少见的有与药物（如安定剂、抗惊厥药等）、毒物（有机磷）、核黄素缺乏以及慢性淋巴性白血病相关。Diamond-Blackfan贫血是一种罕见的先天性贫血，临床表现可在婴儿期出现，到少年期才得到诊断，拇指或趾骨的异常以及身材短小提示本病的诊断。

虽然再生障碍性贫血发病一般是隐匿的，常在接触毒物后数周或数月发生，偶尔可呈急性发作。体征因全血细胞减少的严重程度而异，贫血症状和体征（苍白）一般很严重。

再生障碍性贫血可有严重的血小板减少，可引起淤点、瘀斑，常有牙龈出血，眼底出血或其他组织的出血。伴致命性感染的粒细胞缺乏症常见。脾不肿大，除非由于长期输血导致的含铁血黄素沉积。纯红细胞再生障碍性贫血的临床症状一般较轻，症状与贫血或基础疾病有关。

在有全血细胞减少的患者（如白细胞<1500/μL，血小板<50000/μL），尤其是青少年患者时，需考虑本病。在有骨骼异常和正细胞性贫血，但是白细胞与血小板计数正常的患者需怀疑纯红细胞再生障碍性贫血（包括Diamond-Blackfan贫血）。如怀疑有此类疾病可能，需行骨髓检查。

再生障碍性贫血时红细胞为正色素正细胞性的（有时轻度大细胞性的）。白细胞计数常减少，主要是粒细胞减少，血小板常明显减少，一般低于50000μL。网织红细胞也可减少或消失，血清铁升高。抽出的骨髓中细胞极度减少。纯红细胞再生障碍性贫血时，也表现为正细胞性贫血，网织红细胞减少，血清铁升高，但白细胞和血小板计数正常。骨髓象检查除红系前体细胞完全缺失外，骨髓细胞的增生程度和成熟过程正常。

马抗胸腺细胞球蛋白（ATG）为治疗再生障碍性贫血的首选，按10～20mg/kg剂量，稀释在500ml盐水中在4~6小时内输注，连用10天，较短期的疗程也可使用，约对60%的病人有效。由于ATG可能发生过敏反应和血清病，专家建议病人注射前都要做皮肤试验以确定对马血清的过敏性，并使用皮质类固醇（强的松每日40mg/m²口服；从第7天开始，连用10天，或用至症状消失）。环孢菌素（每日5~10mg/kg口服）的疗效与ATG相同，对约50%ATG治疗失败者奏效，这提示其作用机制不同于ATG。ATG合并环孢菌素亦有疗效。如果病情极其严重或对ATG或环孢菌素治疗无效，采用骨髓移植或生长因子（EPO，G-CSF或GM-CSF）治疗可能见效。

造血干细胞移植，已证明是治疗年轻的再生障碍性贫血患者的有效疗法，特别对30岁以下的病人，但需要同卵双胎或人类白细胞抗原相容的兄弟或姐妹提供的骨髓，因此在诊断时必须对病人的兄弟或姐妹做人类白细胞抗原的相容性检查。由于输血对以后的移植会产生不良影响，因而仅在必要时始可使用血液制品。

单纯红细胞性再生障碍性贫血使用免疫抑制剂（强的松、环孢菌素或环磷酰胺）治疗已见成效，特别是涉及免疫性机制的病例。由于伴随胸腺瘤的纯红再障，在切除胸腺瘤后病情可得以改善，因而应通过CT检查寻找胸腺瘤，若有发现应考虑手术治疗。