肝脏每天生成500~600mL胆汁。胆汁与血浆等渗，主要由水和电解质组成，同时含有有机化合物：胆红素、胆盐、磷脂（主要为卵磷脂）、胆固醇，以及调节胃肠功能的蛋白质及药物或其代谢产物。
胆红素为衰老红细胞（RBCs）中血红素化合物降解的产物，是赋予胆汁黄绿色的主要色素。
胆汁酸盐（胆汁酸）是胆汁的主要有机成分。肝细胞通过主动转运将胆盐分泌至毛细胆管，即相邻肝细胞之间的胆汁微管。毛细胆管的转运是胆汁生成的限速步骤。一旦分泌，胆盐通过渗透作用将其他胆汁成分（特别是钠和水）带到毛细胆管。 胆汁酸盐也是生物学上的清洁剂，其促进机体分泌胆固醇和有潜在毒性的化合物（如，胆红素、药物代谢产物）。在十二指肠，胆汁酸盐能溶解摄入的脂肪和脂溶性维生素，促进其消化和吸收。胆汁自毛细胆管流入肝内集合系统，继而进入右或左肝管，最终汇入肝总管。
空腹时分泌的胆汁约75％从肝总管经胆囊管进入胆囊。其余胆汁则直接通过肝总管和胆囊管汇合形成的胆总管进入十二指肠。此外，在禁食状态下，胆囊可吸收高达90%的胆汁水分，从而使胆汁浓缩并储存其中。
肝脏和胆囊视图
胆汁经胆囊管排入胆总管。胆总管和胰管汇合形成Vater壶腹，进入十二指肠。和胰管汇合前，胆总管逐渐变细，直径≤0.6cm。
Image courtesy of Danielle Tholey, MD, and M.Isabel Fiel, MD, MS, FAASLD.
Oddi括约肌环绕胆总管和胰管，后两者又有自身的括约肌。因此正常情况下胆汁不会逆流至胰管内。这些括约肌对胆囊收缩素和其他胃肠激素（如胃泌素释放肽），以及胆碱能张力的改变（如抗胆碱能药物）高度敏感。
饮食促进胃肠激素的释放和胆碱能神经的激活，引起胆囊收缩和Oddi括约肌舒张，结果可使50%~75％的胆囊内成分排入十二指肠。相反，空腹时，括约肌张力升高，使胆囊充盈。
在小肠近端，胆盐主要经被动扩散吸收，吸收效率较低；大部分肠道胆盐到达回肠末段后被主动吸收入门静脉循环，吸收率约为90%。 胆汁酸盐回到肝脏后经过重新提取，适当加工（如游离形式变为结合形式），重新分泌到胆汁中。胆汁酸盐每天通过这种途径从肝脏到肠道再到肝脏（即肠肝循环）循环10～12次。
胆结石是在胆囊或胆道中形成的硬化的胆固醇、胆汁盐或色素的沉积物，主要是由于胆汁成分的不平衡。多数胆道疾病由胆结石引起，尽管胆囊内的结石（胆结石）通常无症状。胆管结石可能会阻塞胆汁流（胆总管结石)，引起胆绞痛和胆管炎（胆管炎症），最常见的原因是胆道阻塞引起的感染。或者，胆囊管中的胆结石会导致胆囊发炎（胆囊炎）。胆囊炎可能是急性，在几小时内发作，或慢性，持续很长一段时间。
胆汁流动也可因肝脏疾病如肝硬化或肝炎而减慢（称为胆汁淤积），并可被肿瘤减慢或阻塞。在晚期HIV患者中，胆汁流动可因机会性感染引起的狭窄而减慢或阻塞（HIV相关胆管病）。由胆管狭窄（称为硬化性胆管炎）引起的胆汁淤积也可导致炎症和肝纤维化。通常，硬化性胆管炎的原因不明（称为原发性硬化性胆管炎)。寄生虫感染也可阻塞胆汁流动。
