小肠移植很少进行（如在美国，2021年大约移植96例）。由于继发性胆汁淤积性肝病有新的治疗方法（如富含Ω脂肪酸的鱼油补充剂）和更安全的全肠外营养线放置技术，因此这种方法的使用频率较低。
小肠移植可用于以下情况的患者
由于继发于肠道疾病、有死亡风险的肠衰竭患者，（如腹裂，先天性巨结肠症，自身免疫性肠炎，先天性肠病如微绒毛包涵体病）和肠切除（例如，肠系膜血栓或广泛的克罗恩病）
发展全胃肠外营养治疗肠衰竭的并发症（如继发于胆汁淤积性肝病的肝功能衰竭，反复败血症，静脉通路完全丧失）
局部浸润性肿瘤造成梗阻、脓肿、瘘管、缺血或出血（通常是与家族性肠息肉病相关的纤维瘤）。
(参见 移植概述 移植概述 移植可以是 患者自身组织（自体移植，例如骨，骨髓和皮肤移植） 来自相同基因（同卵双胞胎同源供体组织)（同系移植物） 遗传上不相似的供体组织（同种异体移植物或同种移植物） 在很罕见的情况下，移植物来自于不同的物种（异种移植） Common.TooltipReadMore 。）
移植步骤
由于小肠可以单独移植，或与肝脏、胃、十二指肠和胰腺一起移植，从脑死亡但有心跳的供者体内采取较困难。活体捐献在部分小肠移植中的作用尚待确定。
程序因医疗中心而异； 移植后免疫抑制 移植后免疫抑制 移植可以是 患者自身组织（自体移植，例如骨，骨髓和皮肤移植） 来自相同基因（同卵双胞胎同源供体组织)（同系移植物） 遗传上不相似的供体组织（同种异体移植物或同种移植物） 在很罕见的情况下，移植物来自于不同的物种（异种移植） Common.TooltipReadMore 方案也各不相同，但典型的方案包括诱导抗淋巴细胞球蛋白，随后维持高剂量他克莫司和霉酚酸酯。
小肠移植的并发症
（参见 移植后并发症 移植后并发症 移植可以是 患者自身组织（自体移植，例如骨，骨髓和皮肤移植） 来自相同基因（同卵双胞胎同源供体组织)（同系移植物） 遗传上不相似的供体组织（同种异体移植物或同种移植物） 在很罕见的情况下，移植物来自于不同的物种（异种移植） Common.TooltipReadMore 。）
排斥
每周的内镜检查最初用于监测 排异反应 排斥 移植可以是 患者自身组织（自体移植，例如骨，骨髓和皮肤移植） 来自相同基因（同卵双胞胎同源供体组织)（同系移植物） 遗传上不相似的供体组织（同种异体移植物或同种移植物） 在很罕见的情况下，移植物来自于不同的物种（异种移植） Common.TooltipReadMore 。在移植后的第一年内，大约30%~50%的受者发生一个或多个回合的排斥反应。常规内窥镜监测无限期继续。
排斥反应的症状和体征包括腹泻、发热和腹痛。内镜可以发现黏膜红斑、脆性增加、溃疡和表皮脱落，病灶分布不均，所以较难发现，根据是否有病毒包涵体可以与巨细胞病毒性肠炎鉴别。活检发现包括绒毛变平和固有层炎症浸润(见表 小肠移植排斥反应的分类表现 不同类型小肠移植排斥的症状 
)。
急性排斥反应的治疗方法为大剂量激素和（或）抗胸腺细胞球蛋白。
其他并发症
有50%的患者发生手术并发症，包括吻合口瘘、胆管瘘狭窄、肝动脉血栓和乳糜状腹水。
非手术并发症包括：
移植物缺血
肠道相关淋巴组织移植引起的移植物抗宿主病。
后来发生的淋巴增生性疾病
感染风险增加
小肠移植的预后
单独小肠移植后的1年存活率是
患者：约 65%%
移植物：约 50%
感染通常导致死亡。
在小肠与肝联合移植中，患者的生存率较低，因为手术更加复杂，且患者的身体状况更差。然而，围手术期后，移植物和患者的存活率高于单独小肠移植者，大概是因为移植肝脏有保护作用，通过吸收和中和抗体以防止排斥。
