许多酵母菌和霉菌能在免疫缺陷患者中引起各种机会性感染，甚至是威胁生命的感染。而该类微生物很少使免疫功能正常者受感染。酵母菌往往引起真菌血症以及皮肤和其他部位局限性感染。
（参见真菌感染概述）。
Blastoschizomyces capitatus（头孢子菌属）和Trichosporon（丝孢酵母属）（包括T. ovoides（卵形丝孢酵母）、T. inkin（英勇丝孢酵母）、T. asahii（阿萨希丝孢酵母）、T. mucoides（粘液丝孢酵母）、T. asteroides（星状丝孢酵母）和T. cutaneum（皮肤丝孢酵母））是酵母菌，通常会导致播散性感染，特别是在中性粒细胞减少症患者中，并且常常是致命的。在Trichosporon（丝孢酵母属）菌种中，T. asahii （阿萨希丝孢酵母）最易引起播散性感染性疾病。T. beigelii（贝氏丝孢酵母）这一命名现在已经过时了，以前指的是所有或任何这些Trichosporon（丝孢酵母属）菌种。
Malassezia furfur（糠秕马拉色菌）是一种酵母菌，可导致花斑癣和毛囊炎，并且还可能导致通过中心静脉导管接受胃肠外脂质治疗的患者出现导管相关的脓毒症。导管相关性脓毒症常影响婴儿和接受静脉输注含脂质高营养物质的虚弱成人。由于需要特殊的培养基，当试图从临床标本中分离Malassezia（糠秕马拉色菌）时，应通知微生物实验室人员。
马尔尼菲篮状菌（曾被称为 马尔尼菲青霉菌）是一种机会性病原体，在东南亚艾滋病患者中引起播散性感染，在访问该地区后返回美国的旅行者中也发现了病例。T. marneffei（马尔尼菲篮状菌）引起的皮肤病变可与传染性软疣相似。
尤其是在中性粒细胞减少症患者中，包括Fusarium（镰刀菌属）和Scedosporium apiospermum（尖孢木霉）在内的多种环境霉菌（这两类真菌引起的病例在不断增多），可引起局灶性血管侵袭性血管炎性病变，其病变表现与侵袭性曲霉病类似。Fusarium（镰刀菌属）真菌在免疫功能正常的患者中可引起浅表感染（如角膜炎、甲真菌病），在免疫力严重低下的患者中，如长时间、严重的中性粒细胞减少症患者和/或严重的T细胞免疫缺陷患者，可引起播散性感染。Fusarium（镰刀菌属）（不同于Aspergilli（曲霉菌属））可在播散性感染患者的常规血培养中生长。伏立康唑被认为是Fusarium（镰刀菌属）和S. apiospermum（尖端赛多孢子菌）感染的治疗首选药物。
具体诊断需要培养和物种鉴定，这是至关重要的，因为并非所有这些生物体都对单一抗真菌药有反应。例如，Scedosporium（赛多孢子菌属）是典型的耐两性霉素B真菌。治疗这一类机会性真菌感染的最佳抗真菌治疗方案尚有待确定。
