(参见先天性颅面畸形概述。)
即使在明显的孤立性先天性异常的情况下，临床遗传学家也可以帮助指导评估。识别潜在综合征对于预后和家庭咨询非常重要。
染色体微阵列分析、特定基因检测或更广泛的基因组检测应在评估先天性颅面畸形患者时予以考虑。如果这些测试的结果无法诊断，则建议进行全外显子组测序分析。
小颌畸形（小下颌骨）
小颌畸形可能发生在超过700种遗传综合征中。
皮罗序列征是小颌畸形的常见表现，其特征为软腭U形裂和由舌后坠（舌头后坠至咽喉部）引起的上呼吸道阻塞。进食可能困难，有时会出现发绀，这是因为舌头位于后方可能会阻塞咽部。喂养时采取俯卧位可能有所帮助，但若吞咽不协调，可能需要鼻胃管饲喂或胃造口术。若发绀或呼吸问题持续存在，可能需行气管造口术或手术将舌头固定于前位（例如，将其缝合至下唇内侧）。也可能出现传导性听力损失，因此需要进行耳科评估。
大约三分之一的小颌畸形患者伴有相关异常，这提示存在潜在的染色体缺陷或遗传综合征。一些需要考虑的诊断包括Treacher Collins综合征（伴有眼睛下斜、眼睑缺损、畸形耳廓[小耳畸形]和听力损失）、Nager综合征、Goldenhar（眼耳脊椎）综合征和脑肋下颌综合征。通常会进行X光检查或CT扫描来帮助进一步明确解剖结构。
下颌骨延长的外科治疗能改善外观和功能。在典型的牵张成骨手术中，进行截骨术并将牵张（分离）装置固定于两骨段。随着时间的推移，两骨段之间的距离逐渐增大，新骨在其间生长以扩大下颌骨。
无颌畸形
先天性下颌髁状突缺如（有时伴冠状突、下颌支和下颌体部分的缺如），是一种严重畸形。下颌骨偏向患侧，导致严重错颌；健侧伸长扁平。常合并内耳、中耳、外耳、颞骨、腮腺、咀嚼肌和面神经畸形。要考虑的综合征包括无颌-前脑无裂畸形，无下颌并耳畸形，严重的脑肋下颌综合征，以及Ivemark综合征。
下颌骨和颞下颌关节的X线片或面部CT可显示发育不全的程度和区分发育不良与其他相似面部表现的疾病（不具有以上严重的结构丧失）。通常在手术前完成面部CT检查。
无颌畸形的治疗包括通过自体骨移植（肋软骨移植）来快速重建下颌，以防面部畸形的进展。通常颏成形术、骨和软骨移植物、软组织瓣可进一步改善面部对称性。牵张成骨术的应用日益广泛，该手术需行截骨术并将牵张装置固定于下颌骨的两骨段。青少年早期应给予牙齿矫正治疗，帮助纠正错颌畸形。
上颌发育不良
上颌发育不全是上颌骨的不发达，导致中面部的塌陷并产生下颌突起（向前突出）的错觉。
X光片或面部CT可以显示发育不全的程度。
上颌发育不全的治疗可能涉及手术或牙齿矫正，具体取决于其严重程度。
