尽管美国建立了强大的疫苗安全体系，但一些父母仍对儿童疫苗的使用和时间表感到担忧。这些担忧会导致一些父母对疫苗犹豫不决。疫苗犹豫是指尽管有疫苗接种服务，但家长仍推迟或不同意其子女接种部分或全部推荐疫苗。当父母不同意让儿童接种一种或多种疫苗时，儿童更容易发生疫苗可预防的疾病。
在美国，没有接受常规疫苗接种的儿童可能会病得很重，有时会死于疫苗可预防的疾病。例如，在疫苗研制成功之前，b 型流感嗜血杆菌 (Hib) 是导致儿童细菌性脑膜炎（可导致脑损伤或耳聋）的主要原因（见美国疾病控制和预防中心 (CDC)：疫苗可预防疾病的流行病学与预防： 第 8 章：流感嗜血杆菌）。
COVID-19疫苗
COVID-19 大流行使疫苗犹豫重新成为首要问题。第一种 COVID-19 疫苗于 2020 年 12 月获得美国食品药品监督管理局 (FDA) 的紧急使用授权 (EUA)。此后，数亿美国人至少接种过 1 剂 COVID-19 疫苗。然而，许多人仍然没有接种疫苗。与其他疫苗可预防的疾病类似，COVID-19 感染导致的住院和急诊就诊在未接种疫苗的人群中更为常见。此外，与 COVID-19 疫苗接种相关的严重副作用极为罕见。
COVID-19 感染可影响儿童和青少年，并导致严重的全身健康问题。与成人一样，未接种疫苗的儿童和青少年比接种疫苗的儿童和青少年更容易住院。此外，即使 COVID-19 感染轻微或没有引起症状，儿童和青少年也可能出现长期问题，如长期 COVID（感染 SARS-CoV-2 后出现的一种慢性病，至少持续 3 个月）。研究表明，与未接种疫苗的人相比，疫苗接种后感染 COVID-19 的人不太可能报告 COVID 长期症状（参见 CDC：COVID 长期症状）。
麻疹-腮腺炎-风疹 (MMR) 疫苗：对自闭症谱系障碍的担忧
20 世纪 90 年代，媒体报道了关于 MMR 疫苗可能导致自闭症谱系障碍的担忧。这些担忧的依据是 1998 年的一份简短医学报告，该报告后来被发现是伪造的，发表该报告的医学杂志已将其撤回。自这份报告发表后，医生们做了很多研究，寻找疫苗与自闭症谱系障碍之间的联系。在众多研究中，没有任何一项研究发现此关联。
在这些研究中，最大规模的研究针对在 1991 至 1998 年之间出生的 537,303 名丹麦儿童进行了相关探查。大多数 (82%) 此类儿童接种了 MMR 疫苗。医生发现，接种过疫苗的儿童患自闭症谱系障碍的几率并不比未接种疫苗的儿童高。
在 440,655 名接种过疫苗的儿童中，有 608 人 (0.138%) 患有自闭症谱系障碍；在 96,648 名未接种过疫苗的儿童中，有 130 人 (0.135%) 患有自闭症谱系障碍。两组患自闭症谱系障碍的儿童比例几乎相同。一项针对 1999 年至 2010 年间在丹麦出生的所有儿童（共计 657,461 名儿童）的随访研究得出结论，MMR 不会导致自闭症谱系障碍，也不会增加因家族病史或其他风险因素而成为自闭症谱系障碍高危人群的儿童的风险。
世界各地的其他类似研究也得出了类似的结论。此外，已发现有关自闭症谱系障碍和 MMR 疫苗的最初广为流传的研究存在严重的科学缺陷，并已遭到医学界和科学界的质疑。
尽管有大量证据支持 MMR 疫苗的安全性，但许多父母仍然缺乏信心。因此，2019 年，美国经历了自 1992 年以来最大规模的麻疹暴发。根据美国疾病控制与预防中心 (CDC) 的调查，大多数感染者未接种疫苗（参见 CDC：麻疹病例和暴发）。
硫柳汞：对自闭症谱系障碍的担忧
人们也一直在关注可能出现的硫柳汞副作用问题。在含有一剂以上疫苗的瓶装疫苗（多剂量瓶装疫苗）中，硫柳汞曾用作防腐剂。只含有一剂疫苗的瓶装疫苗（单剂量瓶装疫苗）不需要防腐剂，且防腐剂不能用于活病毒疫苗（如风疹和水痘）。含有汞的硫柳汞会在体内分解成乙基汞，其会迅速从身体中清除。由于甲基汞是一种不同的化合物，不会很快排出体外，对人体有毒，因此人们担心疫苗中使用的极少量硫柳汞可能会导致儿童出现神经系统问题，尤其是自闭症谱系障碍。
世界卫生组织 (WHO) 不建议将硫柳汞从任何疫苗中去除，因为尚无证据表明常规使用会造成任何伤害。但是，由于存在理论问题，虽然尚无研究显示硫柳汞危害的证据，但是到 2001 年，美国、欧洲和其他几个国家从常规儿童疫苗中去除了硫柳汞。在这些国家/地区，某些流感疫苗以及几种用于成人的疫苗中仍在使用少量硫柳汞。建议所有儿童从 6 月龄开始每年接种一次流感疫苗，担心硫柳汞的家长可以要求接种不含硫柳汞的流感疫苗。（另见 CDC：硫柳汞和疫苗）。
从常规儿童疫苗中去除硫柳汞对患自闭症谱系障碍的儿童人数没有影响。
同时接种多种疫苗
根据 CDC 推荐的疫苗接种计划，儿童在 6 岁之前应接种若干剂疫苗，以预防 10 种或更多不同的感染。为了减少注射和就诊次数，临床医生会给予多种疫苗的联合疫苗，例如白喉-破伤风-百日咳 (DTaP) 疫苗和其他疫苗。
然而，现在有些父母担心儿童的免疫系统不能同时应对如此多的抗原。抗原是疫苗中源于病毒或细菌的物质，会使机体的免疫系统产生抗体以对抗疾病。有时，有相关忧虑的父母要求执行不同的疫苗时间表或要求延后或拒绝接种某些疫苗。但是，建议的时间表旨在在儿童开始需要预防该疾病的年龄时提供各种疫苗。因此，不遵守时间表会使儿童受到感染的风险增加。此外，由于目前疫苗中抗原含量总体较少（因为关键抗原已被更好地识别和纯化），因此儿童现在暴露的疫苗抗原比 20 世纪的大部分疫苗要少。
此外，与人们在日常生活中遇到的抗原相比，疫苗甚至是联合疫苗含有的抗原非常少。从出生开始，儿童平时每日都会接触数十种甚至数百种抗原。其免疫系统可以毫不费力地应对这些抗原。即使是轻微的感冒也会使儿童接触 4 至 10 种病毒抗原。联合疫苗接种不会增加儿童免疫系统的负担或破坏儿童免疫系统。（另见 CDC：一次接种多种疫苗。）
