真菌是真核生物，以酵母、霉菌或两者兼有的形式存在。酵母由单细胞组成，通过出芽方式繁殖。霉菌以丝状体出现，也称为菌丝，通过顶端伸长而延伸。双相型真菌在环境中以霉菌的形式生长，在体内以酵母细胞或球体（作为真菌繁殖形式的囊状细胞）的形式生长。
真菌感染通常分为：
原发性
机会性
原发性感染能够在免疫能力强的宿主中发生。
机会性感染主要发生在免疫功能低下的宿主中。
真菌感染可以是
局灶性的
系统性的
局灶性真菌感染通常累及皮肤（见 真菌性皮肤感染）、口腔（引起 口炎）和/或阴道（引起 念珠菌性阴道炎），可发生于免疫功能正常或免疫功能低下的患者。
全身性真菌感染可影响皮肤和器官，如肺、眼、肝和脑，通常发生在免疫功能低下的宿主中（见 机会性真菌感染）。
（参见抗真菌药物。）
原发性真菌感染
原发性真菌感染通常是由于吸入真菌孢子引起的，其主要表现可为局灶性肺炎。
在免疫功能正常的患者中，系统性真菌病通常呈慢性病程；播散很少见，而且如果出现肺部病变，通常进展缓慢。多经历数月才会就诊或得以确诊。慢性真菌病症状多较轻，但可有发热、寒战、盗汗、厌食、体重减轻、全身不适以及抑郁等。多个器官可被累及，并产生相应症状和功能失调。
原发性真菌病可有独特的地理分布特征，尤其是由那些双相型真菌所致的地方性真菌病。例如，
球孢子菌病：主要限于美国西南部地区和华盛顿州，以及墨西哥北部、中美洲和南美洲
组织胞浆菌病：主要见于美国东部和中西部，部分中南美洲地区及部分非洲、亚洲、澳洲地区。
芽生菌病：仅见于北美洲和非洲
副球孢子菌病：仅限于南美洲
然而，从传播到感染的潜伏期各不相同，旅行者从流行地区返回后可能会出现症状。
当真菌由肺部原发病灶向其他部位播散，可出现特征性临床表现，例如：
隐球菌病：通常出现慢性脑膜炎
进行性播散性组织胞浆菌病：通常累及网状内皮系统（肝、脾、骨髓）
芽生菌病：单个或多个皮肤病灶或累及中枢神经系统、骨骼或前列腺
球孢子菌病：骨和关节感染，皮肤病灶，和脑膜炎
机会性真菌感染
真菌感染的诊断
培养和染色
组织病理学
使用血清学检测（主要用于Aspergillus, Blastomyces, Candida, Coccidioides, Cryptococcus, 和 Histoplasma）
分子诊断
如果临床医生怀疑急性或慢性原发性真菌感染，他们应获得详细的旅行和居住史，以确定患者是否可能暴露于某些地方性真菌，即使暴露是多年前的。
必须将肺部真菌感染与由分枝杆菌（包括结核分枝杆菌）等非真菌生物引起的肿瘤和慢性肺炎区分开来。应该收集标本进行真菌和分枝杆菌培养以及组织病理学检查。可检测痰标本，但有时需要进行支气管肺泡灌洗、经胸肺穿刺甚至手术来获取有价值的检测标本。
引起原发性全身性感染的真菌可以通过其组织病理学外观来识别。但是，特异性真菌的鉴定可能很困难，通常需要通过真菌培养或分子诊断来鉴定。
如果痰培养结果显示共生生物（如Candida albicans（念珠菌））或环境中普遍存在的真菌（如Aspergillus（曲霉属）），则阳性痰培养结果的临床意义可能不明确。因此，可能需要获得其他证据（如免疫抑制等宿主因素、血清学证据、活检可见的组织侵犯及影像学发现）来协助诊断。
血清学检测可用于评估许多系统性真菌病，如果培养和组织病理学不可用或无发现，尽管很少能提供明确诊断。其中有价值的检测包括：
检测生物特异性抗原，尤其是来自Cryptococcus neoformans（新型隐球菌）、Histoplasma capsulatum（荚膜组织胞浆菌）和Aspergillus（曲霉属）的抗原（这些血清学检测中已注意到与其他真菌的偶发性交叉反应）
血清(1,3)β - d -葡聚糖，在侵袭性念珠菌病和曲霉菌病以及肺囊虫感染中通常呈阳性
地方性真菌病（组织胞浆菌病、芽生菌病、球孢子菌病）的补体固定和免疫扩散试验
其他检测抗真菌抗体的试验大多敏感性或（和）特异性低，且需要检测急性期和恢复期的抗体滴度，因此不能用于指导初期治疗。
分子诊断 是鉴定某些真菌感染分子成分的有用工具。使用培养物样本鉴定Histoplasma（组织胞浆菌）、Blastomyces（芽生菌）和Coccidioides（球孢子菌）的DNA探针，以及使用血培养样本鉴定Candida（念珠菌）的聚合酶链反应或DNA杂交检测，目前均已可用。对培养标本进行的基质辅助激光解吸电离-飞行时间（MALDI-TOF）质谱分析，也可用于鉴定多种酵母，包括Candida（念珠菌）菌种。T2Candida是一个非培养平台，它利用磁共振技术直接从全血中检测Candida（念珠菌）的DNA，可用于念珠菌血症的快速诊断。微生物无细胞 DNA 新一代测序是一项新兴技术，用于检测血液中的多种真菌和其他微生物病原体。
