真菌感染通常分为：
机会性
原发性
机会性感染主要发生在免疫功能低下的宿主中。
原发性感染可在免疫活性宿主中发展。
真菌感染可以是
局灶性的
系统性的
局灶性感染主要见于皮肤(见 皮肤真菌感染 皮肤癣菌病的概述 皮肤癣菌病是指皮肤和甲角蛋白的真菌感染（甲感染也称为甲癣或 甲真菌病）。症状和体征因感染部位不同而各异。诊断根据临床表现和皮肤刮屑KOH湿片直接镜检结果。治疗方案因部位有所不同，但通常包括局部外用和口服抗真菌药物。 潜在致病真菌包括酵母菌（单细胞微生物如... Common.TooltipReadMore )、口腔（导致口炎 口炎 口腔发炎和溃疡，称为口炎。他们总是痛苦的。 （参见 牙科患者的评估 和 牙龈炎。) 口腔炎可能涉及口腔粘膜肿胀和发红或不连续的疼痛性溃疡（单个或多个）。较不常见的是形成白色病变。极少数情况下，尽管有明显的症状，但嘴巴看起来正常（ 灼口综合症）。症状会妨碍进食，有时会导致脱水和营养不良。偶尔发生继发感... Common.TooltipReadMore 
）和阴道（即念珠菌阴道炎 念珠菌性阴道炎 念珠菌性阴道炎是阴道的念珠菌感染，通常是白色念珠菌。症状通常为粘稠的白色阴道分泌物和外阴阴道瘙痒，通常为中度至重度。诊断依靠盆腔检查、阴道pH值和湿片检查。治疗方法是口服或外用抗真菌药物。 （参见 阴道炎概述。）... Common.TooltipReadMore 
），局部性感染可发生于免疫受损害和免疫功能正常的患者。
全身性真菌感染可影响皮肤和器官，如肺、眼、肝和脑，通常发生在免疫功能低下的宿主中（见 机会性真菌感染 机会性真菌感染 真菌感染通常分为： 机会性 原发性 机会性感染主要发生在免疫功能低下的宿主中。 原发性感染可在免疫活性宿主中发展。 Common.TooltipReadMore ）。
（参见 抗真菌药物 抗真菌药物 治疗流感的药物包括( Professional.see table 治疗系统性真菌感染的药物)： 两性霉素B（包括其含脂质制剂） 各种唑类衍生物（氟康唑、艾沙康唑、伊曲康唑、泊沙康唑和伏立康唑） 棘白菌素类（阿尼芬净、卡泊芬净和米卡芬净） 氟胞嘧啶 Common.TooltipReadMore 。）
机会性真菌感染
真菌多为机会致病菌，通常不致病，只在宿主免疫力低下时才致病。引起宿主免疫力低下的原因包括艾滋病、氮质血症、糖尿病、淋巴瘤、白血病、血液系统其他恶性肿瘤、烧伤以及接受皮质激素、免疫抑制剂与抗代谢药物治疗。在重症监护病房住院时间长的患者因为接受医疗操作、潜在疾病以及/或营养不良等原因而可现免疫功能降低。
典型的系统性真菌感染包括：
镰刀菌病
在免疫力严重低下的患者中，系统性真菌病通常呈急性经过，表现为快速进展的肺炎、真菌血症或表现为肺外播散。
原发性真菌感染
这些感染常起因于真菌孢子的吸入，引起局灶性肺炎而局灶性肺炎常为感染的最初表现。
在免疫力正常的患者中，系统性真菌病通常呈慢性经过，表现为肺炎以及真菌血症的播散性真菌病罕见，即使累及肺部，病变进展通常缓慢。多经历数月才会就诊或得以确诊。慢性真菌病症状多较轻，但可有发热、寒战、盗汗、厌食、体重减轻、全身不适以及抑郁等。多个器官可被累及，并产生相应症状和功能失调。
原发性真菌病可有独特的地理分布特征，尤其是由那些双向型真菌所致的地方性真菌病。例如，
但是，自上述流行区归来的旅游者也有可能感染这类疾病。
当真菌由肺部病灶向其他部位播散，可出现特征性临床临床表现，例如：
进行播散性组织胞浆菌病：通常累及网状内皮系统（肝、脾、骨髓）
芽生菌病：单个或多个皮肤病灶或累及中枢神经系统、骨骼或前列腺
球孢子菌病：骨和关节感染，皮肤病灶，和脑膜炎
真菌感染的诊断
培养和染色
组织病理学
使用血清学检测（主要用于Aspergillus, Blastomyces, Candida, Coccidioides, Cryptococcus, 和 Histoplasma）
分子诊断
临床医生一旦怀疑患者有急性或慢性原发性真菌感染，医生应该了解患者居住和旅游史，以了解患者是否曾经有某些地方性真菌病的暴露史，这些暴露史可能发生在数年之前。
必须将肺部真菌感染与由 分枝杆菌 非结核分枝杆菌感染 有超过 170 种公认的分枝杆菌，主要是环境的。环境暴露于许多这些生物是常见的，但大多数暴露不会导致感染，许多感染不会导致疾病。疾病通常需要局部或全身宿主防御缺陷。患有慢性肺病的人（尤其是 囊性纤维化)、体弱的老年人和免疫功能低下的人面临的风险最高，但其他缺陷不太明显的人可能会出现进展性疾病。定期报... Common.TooltipReadMore （包括结核分枝杆菌）等非真菌生物引起的肿瘤和慢性肺炎区分开来。应该收集标本进行真菌和分枝杆菌培养以及组织病理学检查。可检测痰标本，但有时需要进行支气管肺泡灌洗、经胸肺穿刺甚至手术来获取有价值的检测标本。
引起原发性真菌感染的真菌很容易通过组织病理学识别。但是，真菌的鉴定很困难，通常需要进行真菌培养或分子诊断方可鉴定。 对于人体共生菌如白色念珠菌或存在于环境中的真菌如曲菌而言，Candida albicans痰真菌培养阳性的临床意义不清楚（如Aspergillus ）。 因此，可能需要获得其他证据（如，宿主因素如免疫抑制，血清学证据，活检及放射学所见组织侵犯）以帮助建立一个诊断。
血清学检测如果组织病理学和真菌培养未能进行或不能提供诊断意义，则应进行血清学检测，但血清学检测结果很少能作为确诊依据。其中有价值的检测包括：
检测真菌尤其是 Cryptococcus neoformans, Histoplasma capsulatum, 和 Aspergillus新生隐球菌、组织胞浆菌和曲菌的特异抗原（这些真菌的抗原检测偶尔也会与其他真菌抗原出现交叉反应）
血beta-葡聚糖检测，在侵入性念珠菌病和 肺孢子菌感染中常常是阳性
检测抗球孢子菌抗体的补体结合试验和新型酶免疫检测具有很高的特异性，而且不需要获得滴度增高的证据便可提供非常有价值的确诊依据（高低度可确诊并提示肺外播散）
其他检测抗真菌抗体的试验大多敏感性或（和）特异性低，且需要检测急性感染期和恢复期的抗体滴度变化方可提供诊断依据，因此，这些抗体测定对于指导初期治疗作用不大。
分子诊断 是鉴定某些真菌感染的分子组成的新兴有用工具。美国食品和药物管理局批准的检测包括使用培养标本鉴定Histoplasma, Blastomyces, 和 Coccidioides的DNA探针，以及使用血培养标本来鉴定Candida的聚合酶链反应或DNA杂交测试。在培养标本上做的基质辅助激光解吸电离-飞行时间（MALDI-TOF 质谱学 一旦通过培养后分离出微生物，就应进行鉴定。 识别对于确定管理（例如，药物治疗、隔离措施）很重要。以非核酸为基础的鉴定方法主要是利用微生物的表型特征（功能的或者形态学的）进行鉴定，而不是 遗传鉴定。 微生物在培养基上的生长特征，比如菌落的大小、颜色和形状，结合... Common.TooltipReadMore ）质谱也可以用来鉴定多种酵母，包括念珠菌的种类。
