(参见染色体异常概述。)
微缺失综合征比微重复综合征的定义更好，许多微重复的意义仍不清楚。近年来，22q11.2和7q11.23等典型微缺失对应的重复变异已被更明确界定。
微缺失综合征不同于染色体缺失综合征，染色体缺失综合征由于其缺失片段较大（通常>5兆碱基），通常在核型分析上可见，而微缺失综合征的异常涉及更小的片段（通常为1至3兆碱基），只能通过荧光探针（荧光原位杂交）和染色体微阵列分析检测。一个给定的基因片段可以被删除和复制（称为相互重复）。显微相互重复的临床效应与涉及相同片段的缺失相似，但病情较轻。术语连续基因综合征 通常是指通常与微缺失相关但也可能与基因聚集在一起的微重复相关的病症。 （参见下一代测序。）
大多数临床上显著的微缺失和微重复似乎是零星散发的；然而，当一个孩子被发现存在异常后，如果对其父母进行检测，可能会对轻度受影响的父母做出诊断。
已鉴定出多种微缺失综合征，其临床表现差异很大（见表格微缺失综合征示例）。
染色体17p11.2的相互微重复与Potocki-Lupski综合征相关。患有这种综合症的婴儿有肌张力低下、喂养问题、发育停滞、心脏缺陷、发育迟缓和自闭症。
微缺失综合征范例
综合征 | 染色体缺失 | 描述 |
|---|---|---|
天使人综合征 | 母亲染色体15q11 | 惊厥，木偶样共济失调，常大笑，手扑翼样运动，严重智力障碍 |
DiGeorge综合征（DiGeorge异常、腭心面综合征、咽囊综合征、胸腺发育不全） | 22q11.21 | 胸腺和甲状旁腺发育不全或缺如，常有心脏畸形，腭裂，智力障碍，精神障碍 |
Langer-Giedion综合征（II型毛发鼻指骨综合征） | 8q24.1 | 外生骨疣、锥形骨骺、头发稀疏、球形鼻、听力受损及智力障碍 |
Miller-Dieker综合征 | 17p13.3 | 平脑症、鼻短而上翘、严重生长迟缓、癫痫、严重的智力障碍 |
父亲的染色体15q11 | 婴儿：肌张力降低，喂养差，发育落后 儿童和青少年：肥胖症，性功能减退，手脚小，智力发育迟缓，强迫性行为 | |
Rubinstein-Taybi综合征 | 16p13− | 拇指宽大和脚趾巨大、鼻和鼻小柱突出、智力障碍 |
Smith-Magenis综合征 | 17p11.2 | 短头畸形，面中部发育不良，下颌前突，声音嘶哑，身材矮小，智力障碍 |
Williams综合征 | 7q11.23 | 主动脉狭窄，智力障碍，小精灵面容，婴儿暂时性高钙血症 |
