宿主应对感染的防御机制包括
天然屏障（如皮肤，粘膜）
非特异性（先天）免疫反应（例如，吞噬细胞[中性粒细胞、巨噬细胞]及其产物）
特异性（适应性）免疫反应 （例如抗体、B 和 T 淋巴细胞）
（参见免疫系统概述。）
抵抗感染的天然屏障
皮肤
粘膜
许多粘膜都浸泡在具有抗菌特性的分泌物中。例如，宫颈粘液、前列腺液和泪液中含有溶菌酶，它能分解细菌细胞壁中的胞壁酸键（尤其对革兰阳性菌有效）；革兰阴性菌因其外膜的脂多糖而受到保护。
局部分泌物还包括免疫球蛋白，主要是IgG和分泌型IgA，能阻止微生物附着于宿主细胞；以及结合铁的蛋白质，对许多微生物来说都是必不可少的。
呼吸道
呼吸道拥有上气道滤器。如果侵袭性微生物到达支气管树，纤毛上皮会将其从肺脏转运出去。咳嗽也有助于清除病原体。如果微生物达到肺泡，肺泡巨噬细胞和组织细胞会将其吞噬。 然而，防御功能可以被大量病原体攻克，也可因空气污染（如香烟烟雾）、保护机制受到干扰（如气管内插管、气管切开）或先天缺陷（如囊性纤维化）而失效。
胃肠道
泌尿生殖道
泌尿生殖道屏障包括男性较长的尿道（20cm），女性阴道的酸性环境，肾髓质的高渗状态和尿液尿素浓度。
肾脏还产生和分泌大量Tamm-Horsfall黏蛋白，可与特定细菌结合，并促进其无害de排出(1)。
天然屏障参考
1.Wu TH, Li KJ, Yu CL, Tsai CY. Tamm-Horsfall Protein is a Potent Immunomodulatory Molecule and a Disease Biomarker in the Urinary System. Molecules.2018;23(1):200.Published 2018 Jan 22.doi:10.3390/molecules23010200
非特异性免疫反应（先天免疫反应）
细胞因子（包括白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子-α和干扰素-γ）主要由巨噬细胞和活化淋巴细胞产生，可介导与病原微生物无关的急性期反应。这种反应包括发热和骨髓中的中性粒细胞产生增加。内皮细胞也分泌大量的白介素-8，能吸引中性粒细胞聚集。
炎症反应介导免疫系统的组分到达损伤或感染部位，途径如下：增加局部血供和血管通透性，允许趋化肽、中性粒细胞和单核细胞游走出血管腔。
微生物的蔓延因吞噬细胞（如中性粒细胞和巨噬细胞）的吞噬作用而被限制。吞噬细胞通过趋化作用被吸引到微生物处并吞噬微生物，同时释放吞噬性溶酶体内容物以帮助破坏微生物。吞噬细胞产生氧化性产物如过氧化氢来杀死其吞噬的微生物。如果中性粒细胞出现了数量不足或质量问题，则可导致反复感染迁延难愈（如慢性肉芽肿病），且对抗菌药物反应迟缓。相应的病原体中以葡萄球菌、革兰阴性菌和真菌为常见。
特异性免疫反应（适应性免疫反应）
宿主基因因素
对于许多病原体，宿主的基因组成影响宿主的敏感性和疾病最终的发病率和死亡率。例如，缺少终末补体成分（C5至C8，或者C9）的患者对由奈瑟菌属（如脑膜炎球菌、淋球菌）引起的感染的易感性增加。
